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EDV-Anwendungen in der Organischen Chemie Chemische Zeichenprogramme
• Zeichnen chemischer Strukturen Dokumentation, wissenschaftliche Arbeit, Präsentation, Lehre
• Schnittstelle zu 3D-Darstellung Modelling-Programmen IUPAC-Namensgenerierung Datenbanken Berechnung von physikalischen Daten (Polarität, NMR-, …)
• Integration und Bearbeitung von Spektren (IR, NMR, MS) • Zeichnen chemischer Apparaturen (Laborglasgeräte) Das elektronische Laborjournal Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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Ein „gutes“ Zeichenprogramm
• einfach zu bedienen, logisch, selbsterklärend, intuitiv • schnelles Zeichnen von Grundstrukturen, z. B. Ringe • vorgefertigte und frei definierbare „Stile“ (Bindungslängen, -dicken, Schriftarten und -größen, …)
• vorgefertigte Template für Substanzklassen • OLE mit Office-Programmen (Vorsicht!) • Import- und Export anderer Dateiformate • akzeptiert und anerkannt • Produktpflege • „günstig“ Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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C-Design
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Freeware
Formeln Grafikprogramm Apparaturen Dateiendung: .cdw Version: 3.0f (2002) mit Labobib Gerätebibliothek seit 2010 kompatibel mit WindowsVista und Windows7 http://www.ch.tum.de/oc1/EFontain/C-Design/ Import: -Export: .mol / .hin /.wmf
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Chemograph Plus Freeware (Standard-Edition)
Freeware: • Formeln 2D • Bearbeitung von Spektren Premium / Professional: • 3D-Programmteil • Datenbankverwaltung • Verwaltung von Struktur- und Spektrendatenbanken • Dateiendung: .fo • Aktuelle Version: 6.4 • DigiLab Software GmbH: http://www.chemograph.de • Import / Export: .mol / div. Spektrenformate
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ISIS Draw Freeware (Registrierung) • • • • • •
Formeln Namensgenerierung mit Add-In: Autonom2000 vorgefertigte und definierbare Stile Dateiendung: .skc Import / Export: .mol / .bsd (Crossfire) Letze Version: 2.5 (2002) lange Zeit das Freeware-Programm
Symyx Draw 3.2 z.B. über Softonic (Freeware) AccelrysDraw 4.1 z.B. über Softonic (Freeware) http://accelrys.com/products/informatics/cheminformatics/draw/
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ACD ChemSketch Freeware
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Formeln zeichnen Grafikprogramm (zum „malen“) Apparaturen konstruieren 3D-Optimierung Berechnung von physikalischen Eigenschaften (z. B. Brechungsindex) Dateiendung: .sk2 Aktuelle Version: 2015 http://www.acdlabs.com/ Import: .wmf ChemDraw (.chm, .cdx) IsisDraw (.skc) MDL-Mol (MM-Programme): .mol • Export: .mol / .chm / .wmf / .gif / .tiff / .bmp / .pdf Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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Struktureditoren bekannter Datenbanken:
• Beilstein unter Reaxys (verschiedene Editoren wählbar); Java • SciFinder Web-Edition (Web-basierend); Java
Struktureditoren von Molekular Modelling Programmen:
• Windows-Programme: Eigener Struktureditor • Unix/Linux: graphische „Schnittstelle“ zu einem Struktureditor • Es gibt spezielle Programme und Formate zum Datenaustausch unter Datenbanken Modelling-Programmen
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KnowItAll®
ChemWindow
Informatics System
$$ Vertrieb: BioRad Laboratories: http://www.bio-rad.com
ChemWindow® Edition
„One Interface“: • DrawIt™ (incl. laboratory glassware drawings and engineering symbols) • Top Quality 3-D Presentations, 3-D Modeling (MM2), and Publishing
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ReportIt™ (import of IR, NMR, MS, Raman spectra and chromatograms) Stereochemical Recognition (e.g. R/S centers and E/Z double bonds) Calculation Tools (e.g. mass from structure) MS Fragmentation Tool BrowseIt™ ReportIt™ IUPAC NameIt™ (limited) IUPAC DrawIt™ (limited) Main Features in ChemWindow Edition Import/Export: MDL-molfiles, ChemDraw Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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„Chem Draw“ $$ http://www.cambridgesoft.com/
ChemDraw: • Standard für chemisches Zeichnen, Biosymbole • Struktur <=> Name (incl. CIP-Regeln) • 1H- und 13C-NMR „Vorhersage“ • Schnittstelle zur Datenbanksuche, u.a. SciFinder ChemBioDraw: • zusätzlicher Editor für Biosynthesewege Chem3D: • 3D-Modelle • Energieminimierung (Molekülmechanik) • GAMESS und integrierte Schnittstellen zu Gaussian u.a. Elektronisches Laborjournal „Addware“: MestreNova Lite • Prozessieren, Analyse und Darstellung von hochaufgelösten NMR Daten Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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verschiedene Paketlösungen! 2014 (14.0):
2015 (15.0):
ChemDraw Standard:
ChemDraw Prime:
ChemDraw Pro:
• Zeichnen • DC-Plattentool
ChemDraw Professional ChemBioDraw Ultra: Campuslizenz mit 3D
+ BioDraw, Biopolymere + Datenbanken (SciFinder) + Name=Struktur + NMR-Vorhersage + Laborjournal
ChemBio3D Ultra:
ChemOffice Professional
ChemBioOffice Ultra:
+ 3D + Datenaustausch
CIP-Pool:
ChemBioDraw Ultra 11.0 mit 3D Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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Campus-Lizenz für ChemDraw Professional 15.0 (Mittel der Organischen Chemie) „downgrade“ auf 14.0 möglich, dann mit 3D
Die Lizenz erlaubt jedem Besitzer einer E-Mail-Adresse mit Endung @mx.uni-saarland.de bzw. @stud.uni-saarland.de den Download der Software und den Bezug einer Serien-Nummer, die jeweils die Installation auf 3 Rechnern (auch Laptops, Privatrechner usw.) ermöglicht. Serien-Nummer und die Installationsdatei über folgenden Link:, http://sitesubscription.cambridgesoft.com/sitelicense.cfm?sid=1170 mit seiner E-mail-Adresse einloggen die benötigten Daten (Seriennummer) werden zugeschickt persönlicher Account: http://www.cambridgesoft.com/login/ Seriennummer einsehen Die aktuelle Lizenz ist gültig bis Juli 2016, wird aber wohl verlängert. Auf CIP-Pool-Rechnern installiert: ChemBioDraw Ultra 11.0
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Übungsleitfaden: ChemDraw Ultra Bindungen zeichnen, Mehrfachbindungen, Stereobindungen, spezielle Bindungen
Atomsymbole einfügen Moleküle markieren, verschieben, drehen, löschen... Atome, Bindungen und Molekülteile markieren, verschieben, drehen, löschen... Molekül optimieren („clean“-Funktion); Vorsicht! Template, vorgefertigte Ringe, Alkylketten Texte eingeben .... Sonderzeichen: View-Show Character Map Window (Reaktions)Pfeile, mechanistische Pfeile, Linien und Kurven, Rechtecke...
Hilfsmittel: Lineal, Raster, Hilfslinien,… Datei speichern, Import-Export-Optionen Document Settings (Stile) Moleküleigenschaften (u.a. Masse, Molmasse, CHN): View-Show Analysis Window Structure Name 1H
und 13C NMR Vorhersage
3D Preview und kopieren in Chem3D Prof. Dr. Andreas Speicher, EDVOC
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