Forslag Til Forskningoppgaver Fra Seksjon For Allmennmedisin

Transcript

Oppgavepresentasjon for Forskerlinjen 28. januar 2015 1 PROGRAM 12.15 Velkommen v/Marit Grønning 12.25-12.35 TNF inhibitor immunogenisitet – Lucius Bader 12.35-12.45 Molekylære mekanismer ved arvelige øyesykdommer – avleiring av decorin i kornea ved medfødt stromal korneadystrofi – Eyvind Rødahl 12.45-13.00 «Personbasert forebygging av hjerte- og karsykdom (HKS). Fokus på inntak av mengde og type protein» og «Personbasert forebygging av hjerte- og karsykdom. Fokus på inntak av mengde og type fett» - Gard Svingen (2 prosjekt) 13.00-13.10 Avansert avbilding av livmorkreft – verktøy for skreddersydd behandling – Ingfrid Haldorsen 13.10-13.25 «Luftkvalitet i Bergen» – «Stråling blant medisinere» - Ole Møllerløkken (2 prosjekt) 13.25-13.35 Molekylære mekanismer bak familiære former for keloid og pterygium – inngangsport til bedre behandling? – Cecilie Bredrup 13.35-13.45 Effekt av laks og torsk på bakterieflora i tarm – Trygve Hausken 13.45-14.05 Pause (kaffe/te/frukt) 14.05-14.15 Molekylære mekanismer og stamcellemarkører ved kreft i bukspyttkjertelen – Anders Molven 14.15-14.30 “Nanomaterials used in dentistry: Establishment of biobank” – “Nanoparticles used for diagnosis and treatment of cancer” Mihaela Roxana Cimpan (2 prosjekt) 14.30-14.40 Hjerneinfarkt - Utdanning og arbeid – Ulrike Waje-Andreassen 14.40-14.50 Hvordan påvirkes mitokondriemetabolismen ved inntak av ulike typer fett – en dyremodell Elin Strand 14.50-15.00 Mikroembolier ved akutt hjerneinfarkt - Lars Thomassen 15.00-15.10 Biomarkører for skreddersydd behandling ved brystkreft; identifisering av molekylære endringer i undergrupper av brystkreft – Elisabeth Wik/Lars Akslen 15.10.-15.20 Multiple Sclerosis: biomarkers for patient-tailored treatment – Sonia Gavasso 15.20-15.30 Vitamin B3 og hjertekarsykdom – Eva Ringdal Pedersen 15.30-15.40 Kort pause 15.40-15.50 Mitochondrial dysfunction in Parkinson’s disease: elucidating mechanisms and designing treatments – Charalampos Tzoulis 15.50-16.00 In vitro studier av beta-sitosterol på hjernemetastaser – Frits Thorsen 16.00-16.10 Hvem skal få dyr kreftbehandling? Hvorfor? – Roger Strand (Gry Wester/Anne Blanchard) 16.10-16.25 «Identifying which neurons are targeted in POLG disease» - “Mitochondria biogenesis during embryogenesis in patient with POLG disease” – Laurence Bindoff (2 prosjekt) 16.25-16.35 Ny kreftbehandling – innovativ kombinasjonsstrategi – Karl-Henning Kalland 16.35-16.45 Aldersavhengig immunrespons til influensavaksinasjon – Åsne Jul-Larsen/Rebecca Cox 16.45-16.55 Allergisk/inflammatorisk reaktion hos pasienter med karkirurgisk sjukdom – Torbjørn Jonung «Studier av diabetes hos barn» - «Gen-miljø-analyser i Den norske mor og barn-studien» - Pål Njølstad (2 prosjekt) – Dessverre forhindret fra å komme 16.55-17.00 Hva gjøres videre nå? 17.00-17.45 Pizza og mingling 2 Tittel TNF inhibitor immunogenisitet Fagfelt Prosjektgruppe Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Revmatologi/Immunologi Vedeler, Gjesdal, Gavasso, Bader. Vestnorsk Biobank/Revma Bidra til kunnskap rundt TNF-signalveien og immunogenisitet av biologiske legemidler for mer skreddersydd behandling av pasienter TNF inhibitorer (TNFi) er potente og kostbare legemidler, som brukes i behandlingen av autoimmune, inflammatoriske sykdommer. I noen tilfeller vil pasientens immunforsvar gjenkjenne medisinen som fremmed og danne en immunrespons, som kan redusere effekten av medisinen og øke risikoen for bivirkninger. Det er ønskelig å utvikle metoder for å kunne 1. si noe om forventet behandlingseffekt av TNFi før behandlingsoppstart 2. diagnostisere tidlig TNFi immunogenisitet for å unngå ineffektiv og potensiell helsefarlig behandling. 1. Eventuelt ELISA for påvisning av legemiddel-konsentrasjoner og antistoffer mot legemidler. 2. Reporter-gene assay (iLite) for samme formål. 3. Håndtering av og nedfrysningsprosedyrer for mononukleære blodceller. 4. Flowcytometriske undersøkelser inkludert single cell network profiling (SCNP, phosphoflow) for intracellulære signalveier. 1. Delta i innsamling og håndtering av prøver. 2. Kvalitetssikring av prøver, viabilitetsundersøkelser. 3. Basale undersøkelser rundt TNF signalering i celler av friske kontrollpersoner. 1. en sammenlignende studie rundt målemetoder for diagnostisering av immunogenisitet er i ferd med å bli ferdigstilt nå 2. frem til sommeren 2015 basalt metodologisk arbeid for å få etablert den flowcytometriske metodedelen 3. fra sommeren 2015 oppstart med flowcytometriske undersøkelser av TNF signalveien i pasientceller Det er flere internasjonale publikasjoner fra søsterprosjektet fra nevrologisk side (immunogenisitet av interferoner) på lignende problemstillinger og metoder (forfatter Gavasso/Vedeler) og prosjektet forventes å produsere flere internasjonale publikasjoner fremover. Ja. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? REK-godkjent Laboratoriemetoder: • enkle metoder i håndtering av celler • eventuelt ELISA • Reporter-gene assay • Flowcytometri metoder, phosphoflow Statistiske metoder og systemer i samarbeid med statistikere fra NOFIMA: • SPSS • Unscrambler Omfattende kunnskaper som rekker fra basal cellebiologi og signalveier i celler til pasienten i kliniske sammenheng – sykdomskarakteristika, sykdomsscore, medikamenter osv. Det er tett samarbeid med forskningsmiljøer ved Nevroimmunologisk forskningslab, Broegelmann, Avd. for immunologi osv. og muligheter for å delta i ulike kursarrangement, journalclubs mm. Ja. Kontakt [email protected] tlf. 48054909 3 Tittel Molekylære mekanismer ved arvelige øyesykdommer – avleiring av decorin i kornea ved medfødt stromal korneadystrofi Fagfelt Prosjektgruppe Øyesykdommer Oftalmogenetisk forskningsgruppe v/prof. Eyvind Rødahl, Seksjon for oftalmologi, Klinisk institutt 1 Undersøke konsekvenser av genfeil på cellulært og molekylært nivå. Forstå hvordan decorin aggregerer og avleires og gir opphav til uklar hornhinne. Øyeavdelingen har sammen med Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin arbeidet med klinisk og genetisk utredning av familier med arvelige øyesykdommer hvor målsettingen har vært å finne genfeilen som er assosiert med øyesykdommen. Av spesiell interesse er å undersøke hvilke konsekvenser genfeilen får for proteinets struktur og funksjon. Medfødte korneadystrofier er en stor gruppe sykdommer som kjennetegnes av at kornea blir uklar. I mange tilfelle skyldes uklarhetene en avleiring av proteiner. Vi har hatt spesiell interesse av en medfødt stromal korneadystrofi (CSCD) som skyldes mutasjoner i genet som koder for proteoglykanet decorin. Mutasjonene fører til at det uttrykkes et protein som er 33 aminosyrer kortere enn normalt. Dette trunkerte proteinet aggregerer lettere enn den normale, og finnes i avleiringer i kornea hos pasientene. Imidlertid ser det ikke ut til at decorin avleires i andre organer. Vi har også laget en transgen mus med tilsvarende mutasjon. De skiller seg fra pasientene ved at de har klare hornhinner noe som skyldes at den korte varianten ikke eksporteres ut av cellene. 1) Ved feil i foldingen av proteiner aktiveres «the unfolded protein response» som består i økt uttrykking av A) heat shock proteiner som søker å refolde proteinet, og B) proteiner involvert i ubiquitinering mtp nedbryting via proteasomer. Vi ønsker å se om dette skjer i celler og vev fra pasienter med CSCD. 2) Eksport av trunkert decorin ser ut til å være en forutsetning for å danne avleiringene som er typiske for CSCD. Vi ønsker å undersøke hvorfor trunkert decorin hos mus forblir intracellulært. 3) Hvorfor avleires decorin i kornea og ikke i andre organer? Dyrking av celler i kultur, immunfluorescens og Western blot analyse, transfeksjon av celler med plasmider. Dyrke celler og gjøre immunfluorescens og Western blot analyse mtp. heat shock proteiner, og proteiner involvert i ubiquitinylering. Det vil være ønskelig å sette av tid innledningsvis for å lære seg de grunnleggende metodene. Etter hvert som man blir selvstendig i laboratoriet kan man tilpasse forsøkene til egen tidsplan. Ja Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Er prosjektet REKgodkjent Kontaktinfo Ja Alle metoder som det er aktuelt å benytte er etablerte i laboratoriet ved Øyeavdelingen. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern e-post: eyvind.rodahl(at)helse-bergen.no tlf: 55974110 / 92220572 4 Tittel Personbasert forebygging av hjerte- og karsykdom. Fokus på inntak av mengde og type fett. Fagfelt Prosjektgruppe Preventiv kardiologi Seksjon for preventiv kardiologi, Hjerteavdelingen. K2, MOF. Å studere om sammenhengen mellom inntak av mengde og type fett og risiko for hjerte- og karsykdom er avhengig av biomarkører (metabolitter og gener). Målet på lang sikt er at disse biomarkørene vil kunne benyttes for individuell tilpasning av kostholdsråd. Hjerte- og karsykdom er globalt den viktigste årsaken til død, og en svært viktig årsak til sykdom og nedsatt livskvalitet. Fettavleiringer i veggene på hjertets arterier (kransårer) er ansett som en av de viktigste patologiske mekanismene bak utvikling av hjerte- og karsykdommer, og de siste 40-50 år har man generelt anbefalt et lavt totalinntak av fett, og spesielt mettet fett. Resultat fra nyere studier stiller tvil om disse rådene, ikke minst med tanke på at generelle ernæringsråd ikke nødvendigvis er gyldige for alle mennesker. I denne studien ønsker vi å se om sammenhengen mellom inntaket av fett og utviklingen av hjerte- og karsykdom varierer med nivå av biokjemiske markører i blodet, spesielt knyttet opp mot den såkalte énkarbonmetabolismen. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Datamaterialet består av nesten 2500 pasienter med stabil angina pectoris (hjertekrampe), og som er blitt fulgt opp i inntil ca ti år. Det ble samlet inn detaljerte opplysninger om kostvaner, livsstil, sykehistorie, kliniske opplysninger, samt bruk av medisiner. Omfattende metabolsk og genetisk screening er utført. Pasientene blir fulgt opp med tanke på senere hjerte- og karsykdom, inklusive hjerteinfarkt, hjerneslag og død. Foreløpige analyser indikerer at inntaket av visse fettyper hhv øker og reduserer risikoen for senere hjerte-kar-hendelser i lys av om man har respektive høye eller lave verdier av biomarkører eller ved ulik genstatus. Dette vil bli nærmere studert i prosjektet, som kan danne basis for en videre PhD. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Oppgaven passer for 1-2 studenter. Å studere om sammenhenger mellom inntak av fett og risiko for senere hjerte- og karsykdom varierer med nivå av biokjemiske markører i blod. Prospektiv observasjonell kohortestudie av pasienter med etablert kransåresykdom, der endepunktene er kardiovaskulære hendelser og død ved oppfølging ila ca ti år. Konstruere et datasett med aktuelle kliniske og biokjemiske data. Gjennomgå kurs i statistikk og utføre statistiske analyser. Alle data foreligger. Første halvår: Litteratursøk, lage datasett, planlegge statistikk. Etter avtale (høst/vår): Ferdigstille statistikk, skriving av artikkel. Sende inn manuskript til anerkjent, internasjonalt tidsskrift. Ja Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Vi er en del av et stort lokalt forskningsmiljø med nasjonalt og internasjonalt samarbeid, har solid epidemiologisk og statistisk kompetanse, og samarbeider med i forskningsmiljøet? basalforskere. Studenten vil få tilbud om å følge relevante kurs og delta på nasjonale og internasjonale konferanser med presentasjon av egne data. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern X Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten Gard Frodahl Tveitevåg Svingen; lege i spesialisering; [email protected] ta kontakt? Ottar Nygård, overlege / professor; [email protected] 5 Tittel Personbasert forebygging av hjerte- og karsykdom (HKS). Fokus på inntak av mengde og type protein. Fagfelt Prosjektgruppe Preventiv kardiologi Seksjon for preventiv kardiologi, Hjerteavdelingen. K2, MOF. Å studere om sammenhengen mellom inntak av mengde og type protein og risiko for HKS er avhengig av biomarkører (metabolitter og gener). Målet på lang sikt er at disse biomarkørene vil kunne benyttes for individuell tilpasning av kostholdsråd. HKS er nasjonalt og globalt den viktigste årsaken til død, og en svært viktig årsak til sykdom og nedsatt livskvalitet. Det er debatt om hvilke ernæringsråd som bør ligge til grunn for risikoreduksjon av livsstilssykdommer, deriblant er det usikkert hvorvidt et høyt proteininntak påvirker risiko for HKS og død. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet I denne studien ønsker vi å se om sammenhengen mellom inntaket av protein og utviklingen av HKS kan påvirkes av biokjemiske markører vi kan måle i blodet, spesielt knyttet opp mot den såkalte énkarbonmetabolismen, samt B-vitaminstatus. Datamaterialet består av nesten 2500 pasienter med stabil angina pectoris (hjertekrampe), og som er blitt fulgt opp i inntil ca ti år. Det ble samlet inn detaljerte opplysninger om kostvaner, livsstil, sykehistorie, kliniske opplysninger, samt bruk av medisiner. Omfattende metabolsk og genetisk screening er utført. Pasientene blir fulgt opp med tanke på senere hjerte- og karsykdom, inklusive hjerteinfarkt, hjerneslag og død. Foreløpige analyser indikerer at inntaket av protein hhv øker og reduserer risikoen for senere hjerte-kar-hendelser i lys av om man har respektive høye eller lave verdier av biomarkører eller ved ulik genstatus. Dette vil bli nærmere studert i prosjektet, som kan danne basis for en videre PhD. Funnene kan videre være med på å danne grunnlaget for individuelt tilpassede kostholdsråd i forebyggingen av HKS. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Oppgaven passer for én student. Å studere sammenhenger mellom inntak av protein og risikoen for senere hjertekarsykdom og død, samt hvorvidt sammenhengen modifiseres av biokjemiske markører. Å studere om sammenhenger mellom inntak av protein og risiko for senere hjerte- og karsykdom varierer med nivå av biokjemiske markører i blod. Konstruere et datasett med aktuelle kliniske og biokjemiske data. Statistiske analyser. Alle data foreligger, med unntak av data fra forlenget oppfølging som ventes ferdigstilt vinteren 2015. Første halvår: Litteratursøk, lage datasett, planlegge statistikk. Etter avtale (høst/vår): Ferdigstille statistikk, skriving av artikkel. Sende inn manuskript til anerkjent, internasjonalt tidsskrift. Ja Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Vi er en del av et stort lokalt forskningsmiljø med nasjonalt og internasjonalt samarbeid, har solid epidemiologisk og statistisk kompetanse, og samarbeider med i forskningsmiljøet? basalforskere. Studenten vil få tilbud om å følge relevante kurs og delta på nasjonale og internasjonale konferanser med presentasjon av egne data. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten Gard Frodahl Tveitevåg Svingen; lege i spesialisering; [email protected] ta kontakt? Ottar Nygård, overlege / professor; [email protected] 6 Tittel Avansert avbildning av livmorkreft – verktøy for skreddersydd behandling. Fagfelt Prosjektgruppe Radiologi Bergen Gynecologic Cancer Research Group – Imaging (v. Prof. Ingfrid S. Haldorsen) Identifisere biomarkører basert på funksjonelle avanserte bildeopptak med relevans for prognose og behandling ved livmorkreft. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Livmorkreft er den vanligste gynekologiske kreftform og omkring 20 % av pasientene dør av sin kreftsykdom. Forfinet preoperativ kartlegging av pasientens risikoprofil kan føre til mer skreddersydd behandling tilpasset den enkelte pasient. Problemstillinger Avansert avbildning av livmorkreft kan gi nyttig informasjon om svulstens utbredelse og dens evne til vekst og spredning. Målet er å påvise egenskaper ved svulsten som kan brukes for å bedre skreddersy behandlingen hos disse pasientene. Metoder Avanserte MR og PET-opptak av tumor hos pasienter og i en dyremodell vil bli sammenliknet med histologiske/kliniske data. Bidra i analyser av avanserte bildeopptak hos pasienter og i innsamling av data i dyremodellen. Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Datainnsamling og analyser første året. Deretter utarbeiding av artikler i samarbeid med gruppen. Ja, studenten vil kunne bidra til innsamling av data og artikkelskriving som førsteforfatter dersom han/hun ønsker det. Ja Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Radiologiske metoder, avansert bildebehandling og postprosessering av avanserte røntgenundersøkelser, biomarkører ved livmorkreft, avbildning av dyremodeller med i forskningsmiljøet? kreft. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten E-post: [email protected] ta kontakt? 7 Tittel Stråling blant medisinere Fagfelt Prosjektgruppe Arbeidsmedisin Arbeids- og miljømedisin, IGS, MOFA Overordnet mål for prosjektet Undersøke eksponeringen for elektromagnetisk stråling blant MR radiografer på Haukeland og Haraldsplass sykehus Bakgrunn for prosjektet MR er en bildeteknikk som i større og større grad benyttes, og som pr 1.1.2015 ikke er regulert av grenseverdier for eksponering på lik måte som f.eks. røntgenutstyr da grenseverdiene er for strenge til at det er kompatibelt med bruken av MR. Dette har gjort det viktig å følge ekstra med personell som arbeider med MR for å sikre at dette arbeidet er trygt og drives trygt. Problemstillinger Er eksponeringen ved MR risikofylt for MR radiografer? Metoder Målinger av elektromagnetisk felteksponering hos MR radiografene, spørreskjema på symptomregistrering og måling av confoundere som inneklima/støy o.l. Hvilke oppgaver kan studenten starte med Innlemmes i faggruppen og lese seg opp på temaet. Vi driver et tilsvarende prosjekt i København og det vil være viktig å besøke dette for erfaring og trening. Framdriftsplan Målinger er avhengig av ledige instrumenter fra vår samarbeidspartner i Nederland, her må også etisk klarering innhentes og alt klargjøres med Haukeland og Haraldsplass. Mest sannsynlig mulig å gjøre feltarbeid omtrent i år 2016 tidligst, men dette kan avpasses med hva som passer. Internasjonal publikasjon publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Det er målsettingen Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Arbeids- og miljømedisin er en forskningsgruppe der man kan lære om påvirkninger fra arbeid og miljø på helsen. Vi spenner om mange områder og har et bredt fagmiljø, samt at vi samarbeider med ulike eksperter i de ulike fagfeltene og har et bredt nettverk som vi benytter oss av. Er prosjektet REKg odkjent Kontaktinfo Ja Ja Nei X Ikke relevant Meldt personvern [email protected], forskergruppeleder 8 Tittel Luftkvalitet i Bergen Fagfelt Prosjektgruppe Miljømedisin Arbeids- og miljømedisin, IGS, MOFA Overordnet mål for j kt t Bakgrunn for prosjektet Undersøke sammenhengen mellom dårlig luftkvalitet i Bergen sentrum og luftveissykdom Problemstillinger Fører perioder med dårlig luftkvalitet til økt hyppighet av legebesøk pga luftveisplager? Metoder Luftkvalitetsmålinger fra Danmarksplass og Bergen sentrum, Rådhus, gjort tilgjengelig via luftkvalitet.info, samt diagnoselister fra helsetjenesten. Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan I begynnelsen lese seg opp på luftkvalitetsforskning, skaffe til veie REK godkjenning og avtale med relevante register for diagnoselisteuthenting. Interna sjonal p blika Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Det er målsettingen Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Arbeids- og miljømedisin er en forskningsgruppe der man kan lære om påvirkninger fra arbeid og miljø på helsen. Vi spenner om mange områder og har et bredt fagmiljø, samt at vi samarbeider med ulike eksperter i de ulike fagfeltene og har et bredt nettverk som vi benytter oss av. Er prosjektet REKgodkjent Kontaktinfo Ja Luftkvalitetsproblematikken i Bergen kommune, særlig knyttet til de store trafikkmaskinområdene (Danmarksplass bl.a.). Flytting av legevakten til nettopp dette området. Usikkerhet rundt helsemessig konsekvens av dårlig luftkvalitet. Pågående parallelle prosjekt på luftkvalitet i Bergen, bl.a. i samarbeid med Helsevernetaten i Bergen kommune Ja Nei X Ikke relevant Meldt personvern [email protected], forskergruppeleder 9 Tittel Molekylære mekanismer bak familiære former for keloid og pterygium – inngangsport til bedre behandling? Fagfelt Prosjektgruppe Øyesykdommer Oftalmogenetisk forskningsgruppe v/prof. Eyvind Rødahl, Seksjon for oftalmologi, Klinisk institutt 1 1. Bruke arvelige former av keloid og pterygium som modellsystemer for å kartlegge mer generelle mekanismer bak disse tilstandene. 2. Bruke dette som en inngangsport for å lete etter en måte å behandle disse tilstandene på. Pasienter med en sjelden tilstand ”ocular pterygium – digital keloid dysplasia”, får innvekst av øyeslimhinnen over hornhinnen (pterygium lignende), noe som gir betydelig synsnedsettelse. I tillegg utvikler de keloider på fingre og tær. Vi har nylig i samarbeid med Senter for medisinsk genetikk og molekylærmedisin, identifisert de sykdomsfremkallende genforandringene i to familier med denne tilstanden. Vi har sammenlignet genutrykk i hudceller fra pasienter og friske personer og funnet en klar forskjell. Vi har gjort tilsvarende analyse ved andre tilstander med arvelige keloid, da særlig Rubinstein-Taybi syndrom. Dette gir en pekepinn om hvilke signalveier som er involvert i sykdomsutviklingen ved ”ocular pterygium-digital keloid dysplasia” spesielt, og også keloider generelt. 1. Vi ønsker å studere hvordan de påviste genforandringer gir opphav til sykdomsbildet, da særlig ved å studere hvilke signalveier som blir aktivert samt hvilke interaksjonspartnere de aktuelle proteinene har. 2. Vi vil undersøke hvorvidt dette er mekanismer som ligger bak vanligere former for pterygium og keloider som er hyppig forekommende multifaktorielle tilstander. 3. Vi ønsker å forsøke å modulere de endrete signalveiene ved hjelp av tilgjengelige medikamenter. Dyrking av celler i kultur. TaqMan for å sammenligne genuttrykk i ikke arvelige former for pterygium og keloider, stabilt transfekterte cellelinjer (med og uten behandling av medikamenter) samt hudceller fra andre pasienter med lignende fenotype. Morfologiske analyser (som immunhistokjemi) på vev (pterygium, hornhinne og keloid) og celler fra pasienter med ikke arvelige former for pterygium og keloid. Immunpresipitering, Westernblot, transfeksjon av celler Celledyrkning, TaqMan, immunhistokjemi. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Det vil være ønskelig å sette av tid innledningsvis for å lære seg de grunnleggende metodene. Etter hvert som man blir selvstendig i laboratoriet kan man tilpasse forsøkene til egen tidsplan. Ja Ja Internasjonal publ. Inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Alle metoder som det er aktuelt å benytte er etablerte i laboratoriet ved Øyeavdelingen. Vi har tett samarbeid med Senter for medisinsk genetikk og i forskningsmiljøet? molekylærmedisin og Raoul CM Hennekam (University of Amsterdam) og Dorien JM Peters (Leiden University Medical Center). Ja X REK-godkjent e-post: [email protected] tlf: 55974171 / 91716068 Kontaktinfo 10 Tittel Effekt av laks og torsk på bakterieflora i tarm Fagfelt Prosjektgruppe Gastroenterologi Forskningsgruppe for funksjonelle tarmlidelser, ernæring og infeksjonssykdommer Prof Trygve Hausken, prof Harald Wiker, forsker Oddrun Gudbrandsen, Vurdere effekt av diet på bakterieflora i avføring ved å benytte 16S rPCR samt undersøke hvilken effekt dette kan ha for fedmepasienter Vi har samlet avføring fra 20 pasienter med fedme før og etter 8 uker med daglig inntak av 150 g torsk eller laks som er klart til å undersøkes. Benytte 16S rPCR metode for å se om diet kan endre bakterieflora og om resultatene kan benyttes i videre fedmeforskning PCR av 16S rDNA kombinert med high throughput sequensering All avføring er bearbeidet og ligger på frys Settes seg inn nyere forskning gjort på tarmens mikrobiota og hva denne forskning kan bringe og spesielt i forhold til fedme Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Kontaktinfo 2014 Sette seg inn i 16S rDNA sequensering spesielt når det gjelder avansert statistikk, 2014-2016 analysere data og skrive artikler ja ja Avansert databearbeiding, få kjennskap til avanserte 16S rDNA 6 sequensering og lære om fedme forskning [email protected] [email protected] [email protected] 11 Tittel Molekylære mekanismer og stamcellemarkører ved kreft i bukspyttkjertelen Fagfelt Prosjektgruppe Molekylærgenetikk/patologi Forskningsgruppen ‘Molecular pathology of pancreatic diseases’ ved prof. Anders Molven, Gades Laboratorium for patologi, Klinisk institutt 1. Se også www.pancreas.no. Overordnet mål for prosjektet Målet med dette prosjektet er å fremskaffe ny kunnskap om de molekylære mekanismene som er involvert ved kreft i bukspyttkjertelen, for derved å legge grunnlag for bedre diagnostikk og behandling i fremtiden. Bakgrunn for prosjektet Ved kreft i bukspyttkjertelen (pancreas) kommer mange pasienter sent til behandling og prognosen er dyster, selv hos dem som kan opereres. I Norge har vi årlig ca. 600 tilfeller av sykdommen. Den er på tolvte plass når det gjelder krefthyppighet, men på femte plass som årsak til kreftdødsfall på grunn av de dårlige leve-utsiktene. Flere genetiske forandringer er påvist ved pancreas-kreft. Hittil har denne kunnskapen ikke ført til gevinster i form av mer treffsikker diagnostikk eller effektiv behandling. Vi undersøker om nye molekylære markører kan knyttes til kreft i bukspyttkjertelen. Slike markører kan være mutasjoner i arvestoffet, RNA-molekyler eller bestemte proteiner som arvestoffet koder for. Nylig har vi for eksempel begynt å studere sammenhengen mellom AB0-blodtype og risiko for pancreaskreft. Også proteiner som kjennetegner stamceller, er interessante å analysere. Markørene brukes til studier av svulstenes vekst og utvikling med tanke på forbedret diagnostikk og behandling. Problemstillinger Vil bli diskutert med studenten. Eksempler på aktuelle problemstillinger: - Hvilke medfødte varianter i arvestoffet øker risikoen for pancreaskreft? - Hvorfor gir blodtype A økt risiko for denne kreftsykdommen, mens blodtype 0 virker beskyttende? - Hva er de første mutasjonene som opptrer i de ulike typene av svulster i pancreas? - Kan man ved dypsekvenseringsteknologi påvise mutasjoner fra pancreas-svulster i blodet? - Kan stamcelleproteiner gjenfinnes i svulstvev, pancreassaft og/eller blod fra pasienter med pancreaskreft? Arbeid med nukleinsyrer (PCR, klassisk DNA-sekvensering, dypsekvensering). Arbeid med proteiner (immunfarging, Westernblot). Arbeid med cellekulturer. Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Immunfarging av svulstvev. PCR/molekylære analyser av DNA fra pasienter med pancreaskreft. Framdriftsplan Avtales med studenten. Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Ja Er prosjektet REKgodkjent Kontaktinfo Ja Ved siden av å få en introduksjon til forskning og vitenskapelige arbeidsmetoder generelt, vil studenten oppnå kunnskap om: - Genetiske og andre biologiske mekanismer ved kreftutvikling - Tumorpatologi med spesiell vekt på bukspyttkjertel - Teknikker for arbeid med DNA/RNA og proteiner Kirurg og patolog inngår i prosjektgruppen og studenten vil få et spennende innblikk i utredning og behandling (inkludert ny, utprøvende terapi) av pasienter med pancreaskreft. Ja X Nei Ikke relevant e-post: [email protected] Meldt personvern telefon: 55 97 31 69 12 Tittel Nanomaterials used in dentistry: Establishment of biobank Fagfelt Prosjektgruppe Cariology / Biomaterials Patient and Community Based Clinical Dental Research Group, Biomaterial Research Cluster - Department of Clinical Dentistry Establish a saliva biobank in order to quantify and characterize the presence of nanoparticles in saliva. Biobanks play a crucial role in biomedical research. The inclusion of saliva in biobanks is the recognition of its utility as a biofluid with potential for personalized healthcare applications such as monitoring health status, disease onset and progression and treatment outcome. To our knowledge, there are no saliva biobanks related to use of dental nanomaterials. In this respect our aim is to establish a saliva biobank in order to quantify and characterize the presence of nanoparticles in saliva. The Saliva Samples Biobank will give researchers access to data representing a larger number of dental patients than could be analyzed in other systems. Furthermore, saliva biobanks and the data derived from samples can often be used by researchers for multiple purposes. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan - Can nanoparticles from dental materials be released into saliva? - What effects do they cause in the surrounding tissues and systemically? - Saliva will be collected from patients treated with dental nanomaterials - Ultra High resolution dark-field microscopy for visualizing nanoparticles - Raman spectroscopy for nanoparticle quantification in samples - Ethical application to REK vest is currently being prepared - Collection of saliva samples from patients - Establishement of biobank - CytoViva microscopy for visualizing nanoparticles It will be established together with the student. Proposal: - Training in saliva collection and use of CytoViva microscopy - Establishment of biobank - Analysis of the results - Presentation at an international meeting - Writing and submitting an article Yes Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Yes en fremtidig dr.grad? Hva kan studenten lære - The methods are used in translational research projects where the results from laboratory tests are translated to the clinic and vice-versa. i forskningsmiljøet? - The student will be a part of an interdisciplinary research environment with expertise in biological and physico-chemical properties of biomaterials used in medicine and dentistry. -The group collaborates closely with the Nanoscience program (NanoUiB) with clinical departments in dentistry and surgery and with international groups in Germany, Switzerland, UK and Canada. Hvordan kan studenten Associate Professor Mihaela Roxana Cimpan: 55586263 [email protected] ta kontakt? Associate Professor Mihaela Cuida Marthinussen: 55586605; [email protected] Professor Anne Norrehaug Åstrøm: 55586483 [email protected] 13 Tittel Nanoparticles used for diagnosis and treatment of cancer Fagfelt Prosjektgruppe Overordnet mål for prosjektet Biomaterials Biomaterial Research Cluster - Department of Clinical Dentistry Evaluate the anticancer effect of graphene-based multifunctional nanoparticles for MRIguided treatment Bakgrunn for prosjektet Nanomedicine, the application of nanotechnology to healthcare, will be an essential tool to address many unmet cancer diagnosis and treatment needs. One of the essential areas of research in personalized nanomedicine is the development of diagnostic and therapeutic multifunctional nano-agents to help assign particular treatments to individuals with diseases such as cancer. This innovative nanomedical concept, based on the idea of diagnostic and therapy combined in one “smart” nanoscale platform is still evolving. In molecular MR imaging, the goal is to create highly sensitive, highly reliable detection agents that can also deliver and monitor the therapy. - Evaluation of the anticancer effect of graphene-based multifunctional nanoparticles for MRI-guided treatment Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan - Labe-free impedance-based methods for adherent cells and cells in suspension - Ultra High resolution dark-field microscopy for visualization of the interaction between nanoparticles and cancerous cells - Impedance-based methods for real-time evaluation of nanoparticle effects on cancerous cells - Ultra High resolution CytoViva microscopy for visualizing of cell-nanoparticle interactions It will be established together with the student. Proposal: - Training in impedance-based methods and use of CytoViva microscopy - Analysis of the results, evaluation of anticancer effects - Presentation at an international meeting - Writing and submitting an article Yes Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Yes en fremtidig dr.grad? Hva kan studenten lære - This innovative project is part of the European collaborative project “GEMNS” financed by EuroNanoMed II (2015-2017). i forskningsmiljøet? - The student will be part of an interdisciplinary research environment with expertise in biological and physico-chemical properties of nanomaterials -The group collaborates closely with the Nanoscience program (NanoUiB) with clinical departments in dentistry and surgery and with international groups in Poland, Germany, Switzerland, UK and Canada. Associate Professor Mihaela Roxana Cimpan: 55586263 Kontaktinfo [email protected] 14 Tittel Hjerneinfarkt - Utdanning og arbeid Fagfelt Prosjektgruppe Nevrologi, Nevrovaskulær sykdom NOR-SYS, Norwegian Stroke in the Young Ulrike Waje-Andreassen, Halvor Næss, Lars Thomassen Å vise hvilke konsekvenser hjerneinfarkt har for unge pasienters utdanning og arbeidsliv. Norge har høy utdanningsstatus for befolkningen, tradisjonell er både kvinner og menn i arbeidslivet og arbeidsledigheten er lav. Dette gir ideelle og helt unike forutsetninger innenfor Europa for å undersøke betydningen av hjerneinfarkt for unge, yrkesaktive pasienter. Tradisjonell har en vurdert unge pasienter til å ha en god prognose. Dette postulatet er tvilsomt. Det er nødvendig å kartlegge faktorer relatert til graden av yrkesaktivitet 3 måneder etter hjerneinfarkt. NOR-SYS, Norwegian Stroke in the Young Study, en prospektiv observasjonsstudie, startet inklusjon i 2010, omfatter ca. 350 pasienter <60 år, vil være avsluttet i august 2015. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Kartlegge utdanningsgraden av pasienter som ble innlagt med akutt hjerneinfarkt fra 2010-2015. Kartlegge yrkesaktivitet (elev, student, deltidsjobb, heltidsjobb, ufør). Kartlegge yrkesaktivitet / sykmeldingsgrad 3 måneder etter infarktet. Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Registerarbeid, statistikk. Skaffe seg en oversikt over foreliggende litteratur og foreliggende data. Lære å designe artikkelen. Framdriftsplan Litteraturlesing, registeroversikt og design av manuskript de første 3 måneder, Statistiske analyser de etterfølgende 3 måneder, Skriving om resultater og diskusjon i 3 måneder. Det er videre ønskelig at forskningsoppgaven forstås fra «bunnen av», dvs. studenten vil aktiv delta i inklusjon av nye pasienter og bli fortrolig med utredingsmetoder under oppholdet. Ja Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Ta opp en standardisert anamnese angående familiehistorie og risikofaktorer for hjerneinfarkt; innføring i praktiske ferdigheter i enkle ultralydundersøkelser; BTi forskningsmiljøet? målinger og standardisert anamnese ved kontroll 3 måneder etter infarktet. Ja x Nei Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten Via e-mail: [email protected]: Ulrike Waje-Andreassen ta kontakt? 15 Tittel Hvordan påvirkes mitokondriemetabolismen ved inntak av ulike typer fett – en dyremodell Fagfelt Prosjektgruppe Preventiv kardiologi Seksjon for preventiv kardiologi, Hjerteavdelingen/ Lipidgruppen, Klinisk institutt 2, MOF. Å kartlegge ulike signalveier og mekanismer som styres av de ulike typene av fett i kostholdet, som videre kan settes i relasjon til humane biomarkører. Oppgaven har sin basis i data fra epidemiologiske studier blant pasienter med hjertesykdom, hvor man trenger mer basalkunnskap om potensielle risikofaktorer fra kosthold eller metabolske forstyrrelser. Mitokondriene er essensielle i organismens energiomsetning, og følgelig vil faktorer som kan gi en indikasjon på mitokondriell status være svært nyttig både med tanke på kartlegging og behandling. Sirkulerende konsentrasjoner av flere metabolitter knyttet til den såkalte enkarbon-metabolismen har blitt sett i sammenheng med påfølgende risiko for hendelser hos pasienter med hjertesykdom. Data fra tidligere og pågående dyrestudier antyder at de sentrale transkripsjonsfaktorene PPAR har en rolle i reguleringen av disse metabolske veiene. Fettsyrer og deres derivater er naturlige ligander for PPAR. Dermed vil kostholdet ha en viktig innflytelse på aktiveringen av disse signalveiene. Er det en sammenheng mellom fettsammensetningen i kostholdet som kan relateres til nivå av ulike metabolitter og signalveier i dyremodeller? Vi ønsker å gjennomføre en diettintervensjon basert på ulik fettsammensetning hos mus/rotter. Vi vil studere hvordan dette påvirker lipid- og enkarbon-metabolismen. Studenten(e)s oppgaver vil være å delta i gjennomføring av dyreforsøket og deretter kartlegge uttrykking av gener relatert til spesifikke signalveier, samt ulike analyser i plasma. Delta i planlegging og gjennomføring av dyrestudie, samt litteratursøk. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Første halvår: Litteratursøk, delta på møter for planlegging av forsøket. Etter avtale (høst/vår): Gjennomføre dyreforsøket. Analysere ulike parametre i blod og genuttrykk. Dataanalyse, statistikk og tolkning, skrive oppgave, skriving av artikkel. Sende inn manuskript til anerkjent tidsskrift. Ja Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Vi er en del av et stort lokalt forskningsmiljø med nasjonalt og internasjonalt samarbeid, har solid epidemiologisk kompetanse og samarbeider med basalforskere. i forskningsmiljøet? Studenten vil lære essensielle teknikker innenfor medisinsk grunnforskning. Prosjektet er et samarbeid mellom Seksjon for preventiv kardiologi og Lipidgruppen, og studenten(e) vil dermed få tilgang til ekspertise både innen dyrestudier og kliniske studier. Studenten(e) vil få tilbud om å følge relevante kurs og delta på konferanser med presentasjon av egne data. Ja Nei Ikke relevant X Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten Ottar Nygård, overlege/professor, [email protected] Elin Strand, forsker, [email protected] ta kontakt? 16 Tittel Mikroembolier ved akutt hjerneinfarkt Fagfelt Nevrovaskulære sykdommer. Nevrologi Prosjektgruppe Prof. Lars Thomassen, Nicola Logallo PhD, Annette Fromm PhD Stipendiater Aliona Nacu, Christopher E Kvistad Å kartlegge insidens og omfang av sirkulerende mikroembolier ved akutt hjerneinfarkt Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Hjerneinfarkt er en tromboembolisk sykdom. Hyppigheten av mikroembolisering de første timene etter symptomstart er ukjent. Omfanget av mikroembolier kan være assosiert med klinisk forverring og recidivinfarkt. Valg av behandling kan avhenge av embolimengde. Problemstillinger Hvor hyppig opptrer mikroembolier? Sammenheng mellom graden av embolier og infarkttype? Påvirkes embolifrekvensen av iv trombolytisk behandling? Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Transkranial Doppler ultralydmonitorering Litteratursøk/lesing: Mikroembolier, embolimonitorering, ultralyd. Starte artikkeldesign, skrive «Background» og «Methods». Første uker: Opplæring i transkranial ultralydundersøkelser i samarbeid med stipendiat i sonotrombolyse (A.Nacu) Q1-2: Undersøke pasienter (n=150) Q3: Bearbeide data Q4: Ferdigstille artikkel Gjennom året: Delta i relevante kurs Ja Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Vitenskapelig arbeid i et aktivt slag/ultralydmiljø. Nevrovaskulær ultralyd-diagnostikk. i forskningsmiljøet? Sonotrombolyse (ultralydbehandling) i stipendiatsamarbeid. Ja Nei X Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKBlir innsendt dersom forskerlinjestudent vil starte i prosjektet godkjent Hvordan kan studenten [email protected] Mobil 906 14 556 ta kontakt? 17 Tittel Biomarkører for skreddersydd behandling ved brystkreft; identifisering av molekylære endringer i undergrupper av brystkreft Fagfelt Prosjektgruppe Patologi/molekylærmedisin Centre for Cancer Biomarkers, CCBIO ved prof. Lars A. Akslen og post doc. Elisabeth Wik Å identifisere biomarkører (immunhistokjemisk og ved genekspresjonsanalyser) som bedrer muligheten for skreddersydd kreftbehandling til brystkreftpasienter Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Brystkreft er den vanligste formen for kreft blant kvinner. Mange tilfeller oppdages tidlig og har høy sannsynlighet for å bli frisk. Noen svulsttyper er likevel mer hissige, og kvinner med disse får hyppigere tilbakefall, og dør oftere av sykdommen. Klassifikasjonssystemet som brukes for å fange opp hvilke av kvinnene som har aggressiv sykdom, og behov for tilleggsbehandling utover operasjon, bør forbedres. Dagens system gir risiko for både over- og under behandling. En forsøker å finne nye behandlingsmål for pasienter med ulike krefttyper, for å tilby mer målrettet behandling og en arbeider for å finne angrepspunkt for ny, skreddersydd kreftbehandling. Biomarkørstudier vil kunne bidra til riktigere valg av behandlingsmetoder, økt overlevelse og færre bivirkninger hos kreftpasientene. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan 1. Hvilke molekylære endringer karakteriserer undergrupper av brystkreft? – både de mest og minst aggressive kreftformene. 2. Kan vi ved hjelp av immunhistokjemi og genekspresjonsanalyser peke på potensielle mål for behandling som vil bidra til skreddersydd kreftbehandling? Morfologisk diagnostikk, immunhistokjemi, genekspresjonsanalyser Litteraturgjennomgang (bakgrunnsinfo) Immunhistokjemiske analyser Statistikk Frem til oppstart av Forskerlinjeåret: Litteraturgjennomgang, deltagelse på lab-møter, for å opparbeide bakgrunnskunnskap før fulltidsdeltagelse i forskningsgruppen. Det kan være også aktuelt å starte med immunhistokjemiske analyser i denne perioden. Forskerlinjeåret: Immunhistokjemiske analyser. Evt oppstart genekspresjonsanalyser. Minst en publikasjon ila «forskerlinje-året», og i tillegg legge grunnlag for videre publikasjoner. Videre: I løpet av resterende studieperiode, arbeide med videre publikasjoner i hovedsak relatert til immunhistokjemiske analyser. I PhD-perioden (etter avsluttende eksamener), arbeide mer inngående med genekspresjonsanalyser. Det planlegges minst en publikasjon i løpet av Forskerlinjeåret og totalt fire internasjonale publikasjoner i PhD-arbeidet. Ja – prosjektet vil kunne munne ut i en doktorgrad (PhD). Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Høyst relevant klinikk, patologi, molekylære teknikker og statistikk. Mye som er svært nyttig både ifht medisinstudiet generelt, forskning og i enhver spesialitet i forskningsmiljøet? senere! Er prosjektet REKJa x Nei Ikke relevant Meldt personvern godkjent [email protected] / [email protected] Kontaktinfo 18 Tittel Multiple Sclerosis: biomarkers for patient-tailored treatment Fagfelt Prosjektgruppe Therapy/ Autoimmunity/Neuroimmunity Neuroimmunology Researchlab and Multiple Sclerosis Competence Center, Christian Vedeler, Kjell-Morten Myhr, Sonia Gavasso Patient-tailored therapy in Multiple Sclerosis patient treated with natalizumab Overordnet mål Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publ? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? REK-godkjent Hvordan kan studenten ta kontakt? MS is a debilitating disease of the central nervous system (CNS) that affects nearly 2 million adults in the prime of their youth. The disease is heterogeneous with unknown etiology and unpredictable disease course. About 85% of patients start with a relapsing-remitting form (RRMS) where inflammatory episodes with myelin destruction are followed by a remyelinating healing process. Natalizumab, a monoclonal antibody directed to the cellular adhesion molecule alpha-4 integrin expressed on immune cells impressively reduces relapses by blocking the migration of leukocytes into the CNS and thus reducing inflammation. Pharmacokinetics differ substantially between patients and impact efficacy, neutralizing antibody formation, and may even influence the risk for a life threatening complication of progressive multifocal leukoencephalopathy (PML). More data is required to support clinical decisions regarding the possibility of individualized dosing and safe transition to other therapies. We are developing a flow cytometry based method to monitor the saturation of natalizumab bound to the alpha-4 integrin molecule on immune cells of treated patients. This approach will allow us to monitor specific patients and determine patient-tailored natalizumab infusions that prevent unnecessary treatment and reduce cost. Other therapies will be evaluated in time. Monitor natalizumab treatment in individual patients to: 1. Develop a diagnostic tool to determine patient-tailored infusion intervals 2. Identify patients with a suboptimal response early during therapy 3. Determine washout intervals during natalizumab cessation and start of new therapeutics 4. Monitor washout in rare cases of PML ELISA, MRI, Flow cytometry, Quantitative real time qPCR, Patient care and clinical followup, Cell culture 4. Patient care and clinical/magnetic resonance imaging (MRI) follow up 5. Flow cytometry set-up and runs 6. Study design 4. We plan to set-up a flow cytometry natalizumab saturation assay in 2015 spring/summer 5. Patient follow up will be done contineously 6. JCV occurance in cell subtypes We plan to publish this work in an international journal. Yes Study design, Therapeutics, Patient care and management, Basics in translational medicine and diagnostic, MRI, Flow cytometry, Molecular biology, Cell culture, Multivariate data analysis. Our work is interdisciplinary ranging from very basic treatment mechanisms at the cellular level to patient treatment in clinical settings. Ja. [email protected] - 55975106 [email protected] - 55976031 [email protected] - 55976058 19 Tittel Vitamin B3 og hjertekarsykdom Fagfelt Prosjektgruppe Preventiv kardiologi Seksjon for preventiv kardiologi, Hjerteavdelingen. K2, MOF. Å studere relasjonen mellom nivået av vitamin B3 i blodet og risiko for utvikling av fremtidig hjerte-karsykdom Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Hjerte-karsykdom er en den hyppigste dødsårsaken globalt, og en svært viktig årsak til nedsatt livskvalitet. Grunnet bedrede behandlingsmuligheter, er prognosen til hjerte-karpasientene blitt vesentlig forbedret de siste 10-årene. Likevel opplever en stor andel av pasientene progresjon av sin sykdom. Det er derfor svært viktig å avdekke hittil ukjente mekanismer for sykdomsutvikling. Vi ønsker å kartlegge hvordan nivåene av vitamin B3 i blodet påvirker risikoen for fremtidig hjerte-karsykdom. Vitamin B3 er nødvendig for dannelsen av NAD som er en helt essensiell kofaktor i human metabolisme. NAD er blant annet involvert i energiomsetningen og i syntesen av proteiner og DNA. Omfattende data fra cellestudier og dyremodeller tyder på at lavt nivå av vitamin B3 og NAD er knyttet til utvikling av hjerte-karsykdom og diabetes. Vitamin B3 har imidlertid ikke blitt studert i populasjonsbaserte undersøkelser tidligere. Vår forskningsgruppe har nylig utviklet en metode for påvisning av vitamin B3 i blodet i store epidemiologiske studier. Vitamin B3 er målt hos ca. 4100 pasienter med stabil angina pectoris (hjertekrampe), som er blitt fulgt opp i inntil 10 år med hensyn på nyoppstått hjerte-karsykdom eller død. Ved inklusjon i studien, ble det ble samlet inn detaljerte opplysninger om sykehistorie, livsstil, kostvaner og bruk av medisiner. Det er også gjort omfattende analyser av metabolitter i blod, samt genetiske analyser av pasientene. Vi håper å kunne påvise nye markører på sykdomsaktivitet, som kan danne basis for videre studier med hensyn på underliggende mekanismer. Våre funn kan også få betydning for risikovurderingen av den enkelte pasient i klinisk praksis. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Oppgaven passer for én student og kan danne basis for en videre PhD. Studere sammenhenger mellom nivået av vitamin B3 i blodet og risikoen for senere hjerte-karsykdom og død. Prospektiv observasjonell kohortestudie av pasienter med etablert kransåresykdom. Konstruere et datasett med aktuelle kliniske og biokjemiske data. Statistiske analyser. Alle nødvendige data vil foreligge ved oppstart. Første halvår: Litteratursøk, kurs i statistiske metoder, lage datasett, påbegynne statistiske analyser. Etter avtale (høst/vår): Ferdigstille statistikk, skriving av artikkel.Sende inn manuskript til anerkjent, internasjonalt tidsskr. Ja Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Vi er en del av et stort lokalt forskningsmiljø med nasjonalt og internasjonalt samarbeid, har solid epidemiologisk og statistisk kompetanse, og samarbeider med i forskningsmiljøet? basalforskere. Studenten vil få tilbud om å følge relevante kurs og delta på nasjonale og internasjonale konferanser med presentasjon av egne data. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten Eva Ringdal Pedersen lege/post-doc; [email protected] Ottar Nygård, overlege / professor; [email protected] ta kontakt? 20 Tittel Mitochondrial dysfunction in Parkinson’s disease: elucidating mechanisms and designing treatments Aging and Neurodegeneration Translational Science in Neurodegeneration and Aging (TSNA) http://www.uib.no/en/rg/neurodegeneration Understand how mitochondrial function contributes to the pathogenesis of Overordnet mål for Parkinson’s disease and utilize this knowledge to design novel treatments. prosjektet Parkinson’s disease (PD) is a major cause of death and disability. It affects ~2% of Bakgrunn for the population above the age of 65 and its prevalence is increasing as the population prosjektet ages reaching ~4% above the age of 85 years. The etiology of PD is unknown and despite good symptomatic treatments, there is no cure and patients die prematurely due to progressive disability. These studies aim to elucidate the pathogenesis of PD at the genetic, epigenetic and molecular level and use this knowledge to identify novel therapeutic targets. Mitochondrial dysfunction plays an important role in PD, but it has only been studied superficially. I believe that elucidating the role of mitochondrial dysfunction in PD holds the key for understanding and treating this devastating disorder. Characterize mitochondrial pathology in Parkinson’s disease: Problemstillinger - Study standard histology and neurodegenerative markers in the brain of patients with Parkinson - Study mitochondrial structure and function in patient brain - Isolate individual neurons and study the accumulation of somatic (acquired, aging dependent) DNA damage in mitochondria - Study the functional consequences of accumulating DNA damage (abnormal respiratory chain, energy production, etc) Identify novel compounds that may reverse this damage or compensate by increasing mitochondrial mass in the nervous system Histology, immunohistochemistry, microscopy, laser-microdissection of single Metoder neurons from tissue, DNA, RNA and protein basic methods, statistics, bioinformatics, writing of scientific papers. Start by learning basic methods in handling, processing and staining human brain Hvilke oppgaver kan tissue. Subsequently, train in microscopy, neurohistology and interpretation of studenten starte med histological findings in aging and neurodegeneration. Use this knowledge to identify and microdissect neuronal populations of interest from the brain of patients. Then learn DNA processing methods to allow for the study of accumulating DNA damage. Forskerlinje year: learn and perfect basic techniques, complete one study of Framdriftsplan mitochondrial pathology in the brain. Remaining time during studies: analyse/review experiment results and write papers. Participate in at least two international publications. Subsequently: continue the project and complete remaining milestones to a full PhD degree. Ja, flere Intern. publikasjon? Ja inngå senere dr.grad? Hva kan studenten lære Excellent skills in anatomy, histology and biology of aging and neurodegeneration. These will be unique assets for the candidate’s later scientific and clinical career. i forskningsmiljøet? Expertise and skills in neurodegeneration are already considered extremely valuable and are increasingly in high demand at centers in Norway and around the world. Neurodegenerative disorders are now considered as one of the largest and most urgent threats against humanity. The number of patients increases steadily and in the absence of treatment, the accumulating burden on society and the economy threatens the very existence and future of our species. This research is highly ambitious and completely dedicated to understanding and fighting neurodegeneration. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Kontaktinfo [email protected] [email protected] Fagfelt Prosjektgruppe 21 Tittel In vitro studier av beta-sitosterol på hjernemetastaser Fagfelt Prosjektgruppe Biomedisin Brain Metastasis Research Group, Kristian Gerhard Jebsen Brain Tumour Research Centre. Prof. Frits Thorsen, Inst. for Biomedisin, UiB. Studere hvordan beta-sitosterol påvirker biologiske prosesser i humane melanom metastase cellelinjer. Metastatisk spredning av malignt melanom er forbundet med en ekstremt dårlig prognose for pasientene. Standard behandlingsformer for pasienter med avansert sykdom er lite effektive, og nye behandlingsformer er tiltrengt. For å forstå spredning av melanom i pasienter, samt utvikle nye behandlings-metoder, har vi utviklet nye dyremodeller, hvor humane melanom metastase cellelinjer injiseres i blodstrømmen til immundefekte dyr, og vi kan følge tumorutvikling og respons på behandling ved hjelp av MRI, bioluminescens og PET. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet I et tidligere prosjekt har vi funnet at beta-sitosterol (som er et plante kolesterol) er meget effektivt for å begrense hjernemetastaser fra melanom i våre dyremodeller, og overlevelsen til dyrene øker signifikant. Vi er nå i ferd med å skrive en klinisk protokoll, for å kunne gjennomføre en fase I studie på pasienter med malignt melanom. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Er prosjektet REKgodkjent Kontaktinfo Vi trenger en bedre forståelse for hvordan beta-sitosterol påvirker kreftcellenes cytoskjelett og biologi. Derfor legges det opp til en in vitro studie, hvor flere ulike melanom metastase cellelinjer behandles med beta-sitosterol, og effekten av behandling studeres ved hjelp av confocal mikroskopi og mikromiljø-assays. Det ønskes også å se på en kombinasjonsbehandling, hvor beta-sitosterol kombineres med andre kjemoterapeutiske stoffer. Studere hvordan beta-sitosterol påvirker kreftcellenes biologi. Studere kombinasjonsbehandling. 1. Fluorescens mikroskopi. 2. Confocal mikroskopi. 3. Western blot. 4. Microenvironment assay. 5. Bildeprosessering og analyse (vha Imaris, ImageJ, Photoshop, CellProfiler). 6. Cellekultur teknikker. 1. Behandle fire ulike melanom metastase cellelinjer (H1, H3, Melmet1, Melmet5) med beta-sitosterol. 2. Immunfarge for cytoskjelett, kjøre confocal mikroskopi. 3. Bildeanalyse. Arbeidet beskrevet over skulle fint la seg gjøre i løpet av ett år. Ja. Ja. Cellebiologi, molekylærbiologi, cellekultur, confocalmikroskopi, fluorescensmikroskopi, immunfarging, Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern [email protected] tlf 957 49 681 22 Tittel Hvem skal få dyr kreftbehandling? Hvorfor? Fagfelt Prosjektgruppe Medisinsk etikk og vitenskapsteori 1) Globale helseprioriteringer, Inst for global helse og samfunnsmedisin 2) CCBIO – Centre for Cancer Biomarkers 3) Senter for vitenskapsteori Kartlegging og analyse av prioriteringsetiske spørsmål knyttet til nye diagnostiske og terapeutiske muligheter som oppstår fra forskning på kreftmarkører. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan CCBIO er et nasjonalt senter for fremragende forskning, spesielt innrettet mot forskning på nye kreftmarkører og målrettet behandling. Ny kreftdiagnostikk og ny kreftbehandling gir uvurderlige nye muligheter, men kan også føre til nye etiske problemstillinger, ikke minst knyttet til vanskelige helseprioriteringsspørsmål. Etikk er en integrert del av CCBIO, og denne forskningsoppgaven vil bli en del av den samlede forskningsaktiviteten i CCBIO og i UiBs forskergruppe på Globale helseprioriteringer. Det er en rekke aktuelle problemstillinger, og student og veiledere kan sammen velge de mest interessante. Dette inkluderer: • Beskrivelse og vurdering av etiske prinsipper for retningslinjer for prioritering • Bruk av diagnostiske kreftmarkører og «retten til å ikke vite» • Hvordan nye biomarkører endrer forretningsmodellen til den farmasøytiske industrien, og de etiske konsekvensene av dette Medisinsk etikk og mer generelt humanistiske og samfunnsvitenskapelige forskningsperspektiv. Vi vil sørge for opplæring! Alt vi har skrevet her, går det an å starte med. Men vi vil først designe en opplæringsprosess. Den første tida blir det en del lesing (av teori og metode) samt å bruke tid på å bli kjent med forskningsmiljøet og aktivitetene i CCBIO. Neste steg er å avgrense problemstilling i samarbeid med veiledere, før man så går fullt i gang. Kan skreddersys den enkelte kandidat. Siden etikk og mer generelt humaniora og samfunnsvitenskapelige perspektiv står sentralt i arbeidet, vil opplæring være et dominerende element den første tida. Gradvis vil kandidaten arbeide mer og mer selvstendig. Ja, det er definitivt et naturlig mål! Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i Ja! Definitivt! en senere dr.grad? Hva kan studenten lære • Innsikt i kreftforskning og –behandling, og de etiske problemstillingene i forskningsmiljøet? knyttet til dette • Medisinsk etikk og humanistiske og samfunnsvitenskapelige forskningstilnærminger • Forskningsarbeid i et sterkt tverrfaglig og internasjonalt forskningsmiljø Ja Nei Ikke relevant X Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten Roger Strand, Senter for vitenskapsteori, epost [email protected] ta kontakt? 23 Tittel Identifying which neurons are targeted in POLG disease Fagfelt Prosjektgruppe Genetics, molecular medicine, pathology, mitochondrial disease Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? inngå i senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten ta kontakt? Mitochondrial Medicine & Neurogenetics (MMN) http://www.uib.no/en/rg/mitochondrial_medicine Investigate the different populations of neurons in human post-mortem samples to define which manifest the primary or major impact of the disease. Mitochondrial DNA (mtDNA) encodes 13 proteins that participate in the respiratory chain, the enzyme pathway that generates ATP. DNA-polymerase gamma (POLG) replicates and repairs mtDNA, the multicopy genome of mitochondria inherited exclusively from the. Over 150 pathogenic POLG mutations have been described and the most common c.1399G>A, p.A467T or c.2243G>C, p.W748S give an ataxia and epilepsy (MSCAE) that usually starts in the teenage years. Our studies have shown that the stroke-like episodes (SLE) associated with this disease have an acute or subacute cognitive start before developing status epilepticus and progressive stroke-like lesions in the brain. The pathogenesis of stroke-like lesions in POLG encephalopathy is not fully understood. We have suggested that they are caused by neuronal energy failure due to the combination of respiratory chain dysfunction and epileptic activity. Further, we have shown that primary neurones show a combination of mtDNA depletion (quantitative loss or DNA) and loss of respiratory chain complex I. One of the major unresolved questions is which of the neuronal populations are most targeted: primary neurons or interneurons. Our studies have so far concentrated on primary neurones as these are large and easily visualised. Interneurones are, however, much more active cells, both electrically and metabolically, and it is essential therefore that we investigate these to determine whether the disease process starts in these or primarily affects interneurones. This project will use immumohistochemistry together with molecular studies of mtDNA in laser captured cells taken from tissue sections. Data will be analysed statistically where appropriate Understanding which neurons are primarily targeted in POLG disease will help us understand the disease process. Ultimately we hope that this will enable us to develop therapies for mitochondrial diseases. Histology, immunohistochemistry, laser-microdissection, nucleic acid extraction, PCR, sequencing, real-time PCR, statistical analyses Reading [1-3] Yes Yes Ja Nei Ikke relevant Meldt personvern Laurence A. Bindoff, MD, PhD Professor and Consultant Neurologist / Helse Bergen, University of Bergen [email protected] Charalampos Tzoulis, MD, PhD [email protected] 24 Tittel Mitochondria biogenesis during embryogenesis in patient with POLG disease Fagfelt Prosjektgruppe Stem cell biology, iPSC model, mitochondrial disease Mitochondrial Medicine & Neurogenetics (MMN) http://www.uib.no/en/rg/mitochondrial_medicine Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan stud.starte med Internasjonal publ? inngå senere dr.grad? Hva kan stud. lære i forskningsmiljøet? Er prosjektet REKgodkjent Hvordan ta kontakt? The goal of this master project is to understand what a disease models, how to make one using pluripotent stem cells (PSCs) and understand how to choose the right methods to answer different questions in this aspect. The main question in this project is: “How POLG mutations effect mitochondria biogenesis and particularly mitochondrial DNA (mtDNA) level during early embryo development and embryonic stem cell differentiation” The main focus of our group for last ten years was to establish and characterise a set of specific mutation on mitochondrial DNA polymerase gamma (POLG) gene (c.1399G>A & c.2243G>C) which responsible for mtDNA replication and maintenance. The syndrome of mitochondrial spinocerebellar ataxia and epilepsy fully describe in different aspects (clinical feature, pathophysiology and neuropathology) using post-mortem tissue, however molecular mechanism of this disease is still remain unclear and no treatment introduce for these patients up to now. There are several challenges to investigate molecular mechanism of this disease, and one of the most important one is the tissue specificity of this disease. Despite the fact that the mutations are effected nuclear genome, phenotypes of this disease appear in just some specific tissues (such as Liver and brain). mtDNA reduction is one of the phenotypes of this disease and it appears in hepatocytes and some areas of the brain. To find an answer for the question “why we just observed mtDNA reduction in liver and some specific area of brain” we need to use a model. We chose iPSCs as a model for this disease to answer our questions. Since these cells gives us the opportunity to use a renewable tissue with potential to differentiate to any type of tissue in human body. Comparing iPSCs derived hepatocytes and cardiomyocytes from patients with healthy control in terms of mtDNA level and mitochondrial biogenesis 1-Working with Pluripotent stem cells and learn how to continuously propagate these cells 2-Differentiation of PSCs to different tissues (such cardiomyocytes and hepatocytes) 3-Flow cytometry to measure mitochondrial mass and mitochondrial membrane potential 4-FACS to make a pure population of cells 5-Real-time PCR to measure mtDNA level and level of expression of different genes during differentiation 6-ICC and IF to characterise each cell type during differentiation 7-Live cell imaging to stain mitochondria and keep track of this organelle during differentiation Reading (Yu, Vodyanik et al. 2007) (Sandoe and Eggan 2013) Yes Yes About stem cell bioplogy, mitochondria and mitochondrial disease Ja Nei Ikke relevant Meldt personvern [email protected] 25 Tittel Ny kreftbehandling – innovativ kombinasjonsstrategi Fagfelt Prosjektgruppe Molekylær kreftforskning og immunterapi Karl-Henning Kalland, Klinisk institutt 2, Laboratoriebygget 5. etg. Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Utvikle, utprøve og etablere innovativ kreftbehandling i Bergen Forskningsgruppa har utvikla ein ny eksperimentell modell for stegvis utvikling av prostatakreft. Avanserte metoder blir brukte for å forstå molekylære mekanismer som kan vere angrepsmål for ny kreftbehandling. Spesielt er vi interesserte i kreftceller med stamcelleeigenskapar (kreft stamceller). Den eine tilnærminga er å screene samlingar av biologisk aktive stoff i den eksperimentelle modellen for å finne stoff som kan hemme viktige mekanismer i kreft stamceller. Denne strategien har resultert i stoff som no blir utprøvd i dyremodell. Screening- og utviklingsprogrammet held fram på dette grunnlaget. Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten ta kontakt? Ein heilt annan innfallsvinkel er å mobilisere pasientens eige immunapparat til å angripe kreftceller. Ei utprøvande behandling basert på såkalla cryoimmunterapi blir no starta opp for pasientar med prostatakreft ved Haukeland Universitetssjukehus. Denne utprøvande studien gir tilgang til pasientmateriale som kan brukast til vidare utvikling av den nye behandling, med betre klarlegging av mekanismer samt mulig kombinasjon av immunterapi og molekylære angrepsmål i kreftceller. Prosjektet orienterer seg ut frå nye innsikter i kreftutvikling. Eit stort problem er heterogenitet, dvs. at det er mange variantar av kreftceller i den enkelte kreftsvulst. Det er viktig å angripe dei undertypene av kreftceller som er motstandsdyktige mot konvensjonell behandling og har evne til å gjendanne tumor etter tilsynelatande vellukka behandling, dvs. kreft stamceller. Kombinasjon av angrep på molekylære mekanismer i kreft stamceller med immunterapi er spesielt lovande. Cellekulturmodell, funksjonelle assays i cellekultur, mikroskopiske metoder, screeningmetoder, identifikasjon og testing av sirkulerande tumorceller. Molekylærbiologiske laboratorieteknikkar, celledyrkning og eksperiment med biologisk aktive stoff. Som tilrådd i forskarlinjeprogrammet og i samråd med studenten. Ja, søk PubMed for Kalland KH for å sjå publikasjonsprofil. Ja, det er absolutt planen og ønskeleg. Moderne og framtidsretta metoder og tilnærmingar i eit svært aktuelt forskningsfelt: Utvikling av ny behandling mot kreft. Ja Nei Ikke relevant Meldt personvern Professor Karl-Henning Kalland, Klinisk Institutt 2, Laboratoriebygget 5. etg., Helse Bergen E-mail: [email protected], tel. 55584506 26 Tittel Studier av diabetes hos barn Fagfelt Prosjektgruppe Pediatri, genetikk Forskningsgruppe for diabetesgenetikk, Barneklinikken og KG JebsenSenter for diabetesforskning. Vi er vel 20 aktive forskere så her er det lett å trives;) Å finne nye årsaker til diabetes hos barn og kunne målrette behandlingen Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Vi arbeider med å finne genetiske årsaker til diabetes hos barn. Et resultat av dette er at barn med nyfødtdiabetes pga mutasjoner i genene ABCC8 eller KCNJ11 kan behandles med tabletter i stedet for insulinsprøyter. Vi har kliniske data og blodprøver fra to nasjonale registre som er utgangspunkt for genetisk diagnostikk og behandling samt forskning. 1: Våre registre inneholder en rekke barn og familier med diabetes der årsaken er ukjent. En del av disse kan ha en hittil ukjent genetisk forklaring på deres diabetes. 2: Det er grunn til å tro at ulike typer diabetes skal behandles forskjellig og at dette bedrer barnas livskvalitet og reduserer risikoen for utvikling av senkomplikasjoner. Molekylærbiologi, epidemiologi, kliniske studier 1: Å jobbe med data fra eksomsekvensering (alle 19 000 gener i pasientenes DNA) for å finne nye årsaker til diabetes hos barn 2: Å delta i en studie der målet er å se om pasienter med en presis genetisk diagnose kan få bedre behandling med å skifte fra insulin til diabetestabletter. Alt etter kandidatens ønsker og behov Ja. Og muligheter for et opphold i et utenlandsk laboratorium (vi har mehet gode kontakter med Harvard Medical School, Boston, USA; MIT, Cambridge, USA; og Lunds Universitet, Sverige). Kan prosjektet inngå i en Absolutt;) senere dr.grad? Hva kan studenten lære i Studenten vil få en dypere forståelse av ulike former av diabetes Studenten vil lære grunnleggende molekylærbiologiske metoder inkl. forskningsmiljøet? bruk av eksom-sekvensdata Prof. Pål R. Njølstad, Barneklinikken ([email protected]) Hvordan kan studenten ta kontakt? Internasjonal publikasjon? 27 Tittel Gen-miljø-analyser i Den norske mor og barn-studien Fagfelt Prosjektgruppe Pediatri, genetikk, epidemiologi, registerforskning Forskningsgruppe for diabetesgenetikk, Barneklinikken og KG Jebsen-Senter for diabetesforskning. Vi er vel 20 aktive forskere så her er det lett å trives;) Å finne nye årsaker til hvilke prosesser som styrer fødselsvekt, vekst tidlig i livet, samt utvikling av overvekt hos barn. Vi arbeidet med Den norske mor og barn-studien. Denne inneholder data om miljøfaktorer knyttet til helse og livsstil under svangerskapet og hos barnet fram til ca. 10 års alder. Vi har gjort omfattende genetisk kartlegging i denne studien. For hvert barn har vi data på 500 000 genetiske varianter. Det er undersøkt 11 000 barn pluss deres foreldre. Disse kan kobles til en rekke helseregistre, som for eksempel Fødselsregisteret og Reseptregisteret. Det gir en unik mulighet til å studere interaksjoner mellom gener og miljø for å finne nye forklaringer på sykdom og helse. 1: Hvilke faktorer påvirker vår fødselsvekt, vekstutvikling de første leveår, og utvikling av overvekt hos barn? 2: Hvilken rolle spiller miljøfaktorer sog genetiske faktorer, som har påvirket mors helse under svangerskapet, for barnets fødselsvekt, vekst tidlig i livet og utvikling av overvekt? Epidemiologi, molekylærbiologi, assosiasjonsstudier, trioanalyser, gen-miljø-analyser 1: Jobbe med data fra mikromatriseundersøkelser (500 000 genetiske varianter spredt gjennom hele arvestoffet) på 33 000 personer fra Den norske mor og barn-studien. 2: Gjøre gen-miljø interaksjonsanalyser og trioanalyser i data for å finne nye forklaringer på tidlig vekst og utvikling av overvekt. Alt etter kandidatens ønsker og behov Ja. Og muligheter for et opphold i et utenlandsk laboratorium (vi har meget gode kontakter med Harvard Medical School, Boston, USA; MIT, Cambridge, USA; og Lunds Universitet, Sverige). Absolutt;) Overordnet mål for prosjektet Bakgrunn for prosjektet Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære Studenten vil få en dypere forståelse epidemiologi og registerforskning, genetiske stor-skala-analyser av mikromatrisedata, i forskningsmiljøet? hva som bestemmer vår fødselsvekt, vekst tidlig i livet og utvikling av overvekt hos barn. Hvordan kan studenten Prof. Pål R. Njølstad, Barneklinikken ([email protected]) ta kontakt? 28 Tittel Aldersavhengig immunrespons til influensavaksinasjon Fagfelt Prosjektgruppe Immunologi / vaksinologi / virologi / infeksjon Influensasenteret, Klinisk institutt 2 Øke forståelsen av immunrespons etter vaksinasjon for dermed å kunne bidra til utviklingen av influensavaksiner som virker mot et bredere spekter av forskjellige influensavirus. Bakgrunn for prosjektet Influensaviruset forekommer i flere forskjellige typer og subtyper som er i konstant endring. Det er kjent fra tidligere forskning at det første influensaviruset som en person møter i livet er avgjørende for hvordan denne personen reagerer immunologisk til andre influensavirus senere i livet. Likevel er det mye igjen før vi forstår hvordan disse mekanismene virker og ikke minst hvordan vi kan benytte dem for å designe vaksiner som gir bedre beskyttelse mot en større variasjon av fremtidige virus. Ved influensasenteret i Bergen har vi en stor biobank med serum og lymfocytter fra Problemstillinger helsearbeidere ved Haukeland Sykehus som ble vaksinert under svineinfluensaen i 2009. Vi ønsker å se på hvordan personer i denne gruppen responderte forskjellig til svineinfluensavaksinen og så knytte dette til deres alder og dermed hvilket virus som sannsynlig vis var det første som de ble infisert med. Vi jobber rutinemessig med et bredt spekter av immunologiske metoder som vil Metoder være relevante. Dette gjelder metoder for å analysere antistoff så vel som B og T celler. Vi jobber med alt fra klassiske metoder som ELISA til mer teknologisk krevende metoder som flow cytometri. En del av arbeidet involverer arbeid med levende virus og cellekultur i et klasse 2 laboratorium (BSL2). Det vil også kunne være aktuelt med molekylærbiologiske metoder, for eksempel med tanke på å introdusere mutasjoner i spesielle virusproteiner. Det vil være naturlig at studenten starter med å lære grunnleggende arbeid i laben Hvilke oppgaver kan med fokus på enkelte basismetoder og deretter får tildelt et antall prøver som skal studenten starte med analyseres. Resultatene vil så danne grunnlag for videre analyser. 1) opplæring, introduksjon til vitenskapelig tenking, litteratursøk Framdriftsplan 2) Analyse av prøver 3) analyse av data / sammenskriving All forskning ved influensasenteret utføres med mål om å kunne publisere Internasjonal internasjonalt enten som et selvstendig arbeid eller som del av et større samarbeid publikasjon? innad i laben eller med våre samarbeidspartnere nasjonalt og internasjonalt. Kan prosjektet inngå i en Absolutt! Enten ved at studien fungerer som basis for videre studier for å kartlegge viktige faktorer for vaksinerespons, eller ved å kombinere studien med andre senere dr.grad? relaterte forskningsprosjekter ved Influensasenteret med tanke på et helhetlig PhD prosjekt. Hva kan studenten lære i Influensasenteret kan tilby et tverrfaglig internasjonalt miljø med forskere og studenter som samarbeider tett i laben. Vi har flere forskere med solid erfaring i forskningsmiljøet? tillegg til et stort spekter av nasjonale og internasjonale samarbeidspartnere. Fokuset vårt er på laboratoriebasert forskning som springer ut fra kliniske problemstillinger. Ved å tilegne seg erfaring innen laboratoriearbeid vil man få et godt fundament for en videre forskerkarriere. Innen medisinsk forskning er det behov for flere personer med forståelse for både den kliniske og den laboratoriefaglige delen av forskningen. Ja X Nei Ikke relevant Meldt personvern Er prosjektet REKgodkjent Rebecca J. Cox [email protected] Hvordan kan studenten Åsne Jul-Larsen [email protected] ta kontakt? Overordnet mål for prosjektet 29 Tittel Allergisk/inflammatorisk reaktion hos pasienter med karkirurgisk sjukdom Fagfelt Prosjektgruppe karkirurgi Torbjörn Jonung prof, Hans Jörgen Aarstad prof, Paul Johan Höl forskare Overordnet mål for prosjektet Vilken betydelse har tidig och sen allergi/inflammatorisk reaktion för resultaten av stent behandling vid perifer arterioscleros. Bakgrunn for prosjektet Behandling med intraarteriella stentar av arteriosklerotiska förändringar i perifera kar och aortaaneurysm har kraftigt ökat. Det innebär att man sätter in mycket främmande material i kroppen. Restenoser i stentarna är ett tilltagande kliniskt problem. Aortaaneurysm som stentgraft behandlas får ibland kraftig inflammatorisk reaktion. Vi känner till vilken betydelse allergi/ inflammation mot stentarna har för klinisk utveckling. Blodprovstagning för bestämning av inflammatoriska parametrar. Lymfocyter fryses för framtida lymfocytstimuleringstest. Hudtest mot allergi planeras. Prosjektet har hållit på i ett år. Blodproverna finns frysta och väntar på att plockas fram för analys. Det kliniska prosjektet fortsätter ett år till. Analyser av blodprover kan påbörjas nu. År två och tre mer analyser för bedömning och publikation. Publikation i internationella tidskrifter Problemstillinger Metoder Hvilke oppgaver kan studenten starte med Framdriftsplan Internasjonal publikasjon? Kan prosjektet inngå i en senere dr.grad? Hva kan studenten lære i forskningsmiljøet? Er prosjektet REKgodkjent Hvordan kan studenten ta kontakt? Ja Genomföra kliniska prosjekt. Kunnskap om inflammatoriska parametrar (speciellt cytokiner) i relation till arteriosklerotisk karsjukdom och aneurysm. Skriva för internationella publkikationer. Ja x Nei Ikke relevant Meldt personvern [email protected] 30 Tittel ”The long-term OCD project” psykiatri OCD forskergruppe ved Sørlandet sykehus Kristiansand: Åshild Tellefsen Håland, psykolog, PhD, leder for forskergruppen, hovedveileder for stipendiat Kristin Vestrheim. Liv Tveit Walseth, lege i spesialisering i psykiatri, spes. allm. med., PhD, ansvarlig for den kvalitative delen av prosjektet. Kristin Vestrheim, psykolog, stipendiat. I tillegg er følgende knyttet til prosjektet: Gunvor Launes (psykiater, SSK), Patrick Vogel (professor, NTNU), Joe Himle (ass.professor, Michigan USA). Overordnet mål for prosjektet som helhet er å måle langtidseffekten av gruppeterapi Overordnet mål for for OCD pasienter, utforske hva som kan karakterisere non-respondere og prosjektet respondere, og gjøre en kvaliativ undersøkelse av hvordan gruppeterapien opplevdes og sider ved å leve med OCD. Dette kan brukes som input til forbedring av behandlingen av OCD-pasienter. Bakgrunn for prosjektet Standard behandling for OCD er eksponering og responsprevensjon (ERP), som har effekt hos cirka 60% av pasientene. Dette er uavhengig av om ERP gis som individual- eller gruppeterapi. Det er gjort gjentatte forsøk på å øke effektraten, uten å lykkes. Vi vet lite om hva som gjør at noen har nytte av behandlingen og andre ikke. Det kan se ut som om relasjonelle forhold kan spille mer inn enn tidligere antatt. Vi vet også lite om hvordan det går med pasientene i det lange løp, da langtidsstudier utover 5 år er nærmest ikke-eksisterende. Det er behov for utforske behandlingseffekt og hva som kjennetegner respondere og non-respondere, og da særlig se på hvordan relasjonelle forhold kan spille inn. ÅTH gjorde i 2003-2009 en effektstudie av gruppeterapi for OCD pasienter. Den aktuelle studien er en oppfølgingsstude der de samme pasientene (N=62) er rekruttert, 40 pasienter takket ja. Disse inngår i en kvantitativ studie der det måles symptomnivå, traumer, relasjonelle forhold m.m. De samme pasientene inngår i den kvalitative delen av studien, der vi har gjennomført 3 fokusgrupper med pasientene. Vi mangler fokusgruppe av pårørende, der vi ønsker å utforske hva de sier om hvordan OCD går ut over relasjonen og familielivet. Planen er også å videreføre studien ved å bruke data fra den kvalitative studien til å utarbeide et spørreskjema som kan inngå i en ny kvantitativ studie av OCD-pasienter for å kartlegge ulike sider ved å ha OCD. Det ligger godt til rette for å utvikle prosjektet til et PhD-løp. Hvordan er det for pårørende å leve med en OCD-pasient i familien? Hvordan kan Problemstillinger de kvalitative dataene fra prosjektet som helhet inngå i et spørreskjema angående ulike sider ved å leve med OCD? Utforske omfanget av ulike sider ved å leve med OCD i en kvantitativ undersøkelse. Fokusgruppeintervjuene skal analyseres kvalitativt ved hjelp av systematisk Metoder tekstkondensering. Dersom prosjektet videreføres til en kvantitativ undersøkelse brukes statistiske metoder. Studenten kan starte med følegnde: Hvilke oppgaver kan 1) rekruttere pårørende til fokusgrupper (godkjent av REK, informasjonsbrev studenten starte med er ferdig utarbeidet.) 2) Finslipe spørsmålene i intervjuguiden 3) Avholde fokusgruppen(e) 4) Transkribere 5) Analysere 6) Skrive artikkel Senere kan prosjektet videreføres slik det er nevnt ovenfor. Innsamlingen av data kan starte umiddelbart, men vi er fleksible i forhold til hva Framdriftsplan som passer inn i studentens studieplan. Resultatene planlegges å publiseres i internasjonale referee-abserte tidsskrift. Intern. publikasjon? Kan prosjektet inngå i en Ja. Det ligger godt til rette for et PhD-løp, men veiledere og godt fungerende prosjektgruppe. Det er primært ønskelig med student som tar sikte på PhD. senere dr.grad? Hva kan studenten lære i Kvalitativ og kvantitaiv forskningsmetode, artikkelskriving, samarbeid i prosjektgruppe. forskningsmiljøet? JDet pågående prosjektet (inkludert fokusgrupppene) er godkjent av REK. Det må Er prosjektet REKny søknad til REK når dette skal videreføres. godkjent Liv Tveit Walseth, [email protected] Tlf 92281131 Kontakt? Fagfelt Prosjektgruppe 31 32