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An der Professur für Systembiologie mit dem Schwerpunkt Genomik, Proteomik und Transkriptomik, Fachbereich Biologie und Chemie, ist in dem drittmittelfinanzierten BMBF-Projekt „Hot Systems Biology Applied - Sulfolobus acidocaldarius als neues archaeales thermoacidophiles Chassis für die industrielle Biotechnologie“ zum nächstmöglichen Zeitpunkt befristet bis zum 28.02.2019 eine Vollzeitstelle mit einer/einem
Wissenschaftlichen Mitarbeiterin/Mitarbeiter zu besetzen. Bei Vorliegen der tariflichen Voraussetzungen erfolgt die Vergütung nach Entgeltgruppe 13 Tarifvertrag Hessen (TV-H). Aufgaben: Im Projekt sollen verbesserte Stämme mit innovativem Potential in konsolidierter Bioprozesstechnik mit Anwendungen in Fermentation und biokatalytischen Prozessen sowie neue „Extremozym“Systeme entwickelt werden. Für die Stammoptimierung wird ein modellbasierter systembiologischer Ansatz unter Einsatz von aktuellen Hochdurchsatz-Technologien der Transkriptom-, Proteom-, und Metabolom-Analyse sowie Modellierung, Genetik, Biochemie und Enzym-Engineering eingesetzt. Im Rahmen dieses bioinformatischen Teilprojekts sollen nun u.a. verbesserte Methoden zur Identifizierung wichtiger Schaltelemente (Promotoren, Terminatoren, antisense-Elemente) implementiert werden. Im Mittelpunkt des Projekts steht die bioinformatische Analyse von Hochdurchsatzdaten (Next-Generation-Sequencing, insbesondere RNA-Seq und Derivate) und deren systembiologische Interpretation und Visualisierung. Dabei steht die Mit- und Weiterentwicklung der softwaretechnischen Infrastruktur im Zentrum der Tätigkeiten. Zudem wird die projektspezifische Unterstützung bei der Datenanalyse als auch die Entwicklung neuer Softwaretools und Algorithmen für die Analyse und Interpretation von Hochdurchsatzdaten erwartet. Um unterschiedlichste Datensätze kombiniert auswerten zu können, müssen auch neue bioinformatische Methoden zur vergleichenden Analyse der unterschiedlichen Omics-Daten entwickelt werden. Darüber hinaus sind benutzerfreundliche Visualisierungsverfahren erforderlich, die eine interaktive und intuitive Exploration der Daten bis hin zur Darstellung von regulatorischen Netzwerken erlauben. Die Möglichkeit zur Promotion ist neben der Arbeit am Projekt gegeben. Anforderungsprofil: Sie verfügen über ein abgeschlossenes wissenschaftliches Hochschulstudium im Fach Bioinformatik, Informatik oder einem verwandten Fachgebiet mit dokumentierten Erfahrungen in mikrobiologischer Grundlagenforschung und Software-Entwicklung in diesem Bereich. Sie können weiterhin hervorragende Kenntnisse in der Entwicklung größerer Software-Projekte in Java vorweisen und haben Erfahrung mit der Software-Entwicklung im Team und den damit verbundenen Werkzeugen (git, Issue Tracking, Continuous Integration). Sie beherrschen den Umgang mit Maven, der Netbeans-Plattform, SQL (H2) und die Frontend-Entwicklung mit Swing oder JavaFX. Zudem sollten sie ausgewiesene Kenntnisse in Fragestellungen der modernen Hochdurchsatz-Sequenzierungs-technologien besitzen (Next-Generation Sequencing, insbesondere RNA-Seq). Darüber hinaus sollten Sie Fähigkeiten in der Datenanalyse und statistischen Auswertung in R/BioConductor haben, Erfahrung im Umgang mit Unix/Linux-Betriebssystemen besitzen, als auch den sicheren Umgang mit einer der folgenden Programmiersprachen beherrschen: Python, Groovy, Perl. Die Justus-Liebig-Universität Gießen strebt einen höheren Anteil von Frauen im Wissenschaftsbereich an; deshalb bitten wir qualifizierte Wissenschaftlerinnen nachdrücklich, sich zu bewerben. Die Justus-Liebig-Universität versteht sich als eine familiengerechte Hochschule. Bewerberinnen und Bewerber mit Kindern sind willkommen. Ihre Bewerbung (keine E-Mail) richten Sie bitte unter Angabe des Aktenzeichens 308/99218/08 mit den üblichen Unterlagen bis zum 20.05.2016 an Herrn Prof. Dr. Alexander Goesmann, Professur für Systembiologie, Heinrich-Buff-Ring 58, 35392 Gießen. Bewerbungen Schwerbehinderter werden - bei gleicher Eignung - bevorzugt. Wir bitten, Bewerbungen nur in Kopie vorzulegen, da diese nach Abschluss des Verfahrens nicht zurückgesandt werden.
